R语言|CMplot包绘制环形曼哈顿图

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R包-CMplot绘制环形曼哈顿图

今天小编给大家分享的是R语言绘制环形曼哈顿图的方法，主要用到的是CMplot包，它是绘制SNP密度、曼哈顿图和QQ图的一个很实用的R包。大家感兴趣的话可以瞅瞅。

绘图示例

1、安装并加载R包；

# 下载安装"CMplot"包install.packages("CMplot")library(CMplot)# 设置工作路径setwd("D:\\Rdemo\\CMplot")

2、数据集准备；

# pig60K是CMplot包自带的数据集data(pig60K)# 查看数据head(pig60K)data = pig60K

第一列是SNP的名称，第二列是SNP所在染色体名字，第三列是SNP的位置，后面几列为不同特征的P值。

CMplot不仅可以处理全基因组的关联研究结果，还可以处理SNP效应、Fst、tajima’s 等。

参数功能如下：

Pmap：输入数据文件，数据框col：设置染色体中点的颜色pch：设置点的形状band：设置染色体之间的间隔H：设置每个圈的高度bin.size：设置SNP密度图中的窗口大小cex.axis：设置坐标轴字体和标签字体的大小plot.type：设置不同的绘图类型，可以设定为 "d", "c", "m", "q" , "b""d" 表示 SNP density plot "c" 表示 circle-Manhattan plot"m" 表示 Manhattan plot "q" 表示 Q-Q plot"b" 表示 circle-Manhattan, Manhattan and Q-Q plots一起绘制multracks：设置是否需要绘制多个trackr：设置圈的半径大小threshold：设置阈值并添加阈值线amplify：设置是否放大显著的点signal.cex：设置显著点的大小chr.labels：设置染色体的标签cir.legend：设置是否显示图例file：设置输出图片的格式，可以设定为"jpg", "pdf", "tiff"dpi：设置输出图片的分辨度memo：设置输出图片文件的名字

3、绘制SNP密度图；

CMplot(data,plot.type="d",bin.size=1e6,col=c("darkgreen", "yellow", "red"),       file="pdf",memo="SNP",dpi=300,       file.output=TRUE, verbose=TRUE)

4、绘制环状图；

CMplot(data,plot.type="c",chr.labels=paste("Chr",c(1:19,"X"),sep=""),       r=0.4,cir.legend=TRUE,outward=FALSE,       cir.legend.col="black",cir.chr.h=1.3,       chr.den.col="black",file="pdf",memo="huan",       dpi=300,file.output=TRUE,verbose=TRUE)

5、绘制多层圈图；

CMplot(data,plot.type="c",       r=0.4,col=c("grey30","grey60"),       chr.labels=paste("Chr",c(1:19,"X"),sep=""),       threshold=c(1e-6,1e-4),cir.chr.h=1.5,       amplify=TRUE,threshold.lty=c(1,2),       threshold.col=c("red","blue"),signal.line=1,       signal.col=c("red","green"),       chr.den.col=c("darkgreen","yellow","red"),       bin.size=1e6,outward=FALSE,file="pdf",       memo="quan",dpi=300,file.output=TRUE,verbose=TRUE)

6、绘制曼哈顿图；

CMplot(data,plot.type="m",LOG10=TRUE,threshold=NULL,       chr.den.col=NULL,file="pdf",memo="manha",       dpi=300,file.output=TRUE,verbose=TRUE)CMplot(data,plot.type="m",LOG10=TRUE,ylim=NULL,       threshold=c(1e-6,1e-4),threshold.lt=c(1,2),       threshold.lwd=c(1,1),threshold.col=c("black","grey"),       amplify=TRUE,bin.size=1e6,       chr.den.col=c("darkgreen","yellow","red"),       signal.col=c("red","green"),signal.cex=c(1,1),       signal.pch=c(19,19),file="pdf",memo="manhattan",       dpi=300,file.output=TRUE,verbose=TRUE)

7、绘制QQ图。

CMplot(data,plot.type="q",conf.int.col=NULL,box=TRUE,       file="pdf",memo="QQ",dpi=300,file.output=TRUE,verbose=TRUE)CMplot(data,plot.type="q",col=c("dodgerblue1","olivedrab3","darkgoldenrod1"),       threshold=1e6,signal.pch=19,signal.cex=1.5,       signal.col="red",conf.int.col="grey",       box=FALSE,multracks=TRUE,file="pdf",       memo="QQ",dpi=300,file.output=TRUE,verbose=TRUE)

END

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