R语言|lollipop plot

ggpubr包绘制lollipop图

小编今天给大家分享的是ggpubr包绘制lollipop图相关方法。棒棒糖图(lollipop chart)，其实就是一个垂线图，棒棒糖图传达了与柱形图或者条形图相同的信息，只是将矩形转变成线条，这样可减少展示空间，重点放在数据点上，从而看起来更加简洁、美观。相对柱形图与条形图，棒棒糖图更加适合数据量比较多的情况。

#安装包#示例数据#链接：https://pan.baidu.com/s/1UkPToa79jv7DhaY8cHqRUg   提取码：r56h #install.packages("ggplot2")#install.packages("ggpubr")#加载包library(ggplot2)library(ggpubr) #输入文件inputFile="input_2.txt"#输出文件 outFile="Lollipop.pdf"outFile1="Lollipop1.pdf"#查看工作目录getwd()#设置工作目录 setwd("C:\\Users\\admin\\Documents\\RStudio\\30.Lollipop") #读取输入文件数据rt=read.table(inputFile,header=T,sep="\t",check.names=F) #输入文件需要有三列信息#ONTOLOGY: GO分类#Term: GO名称#Count: 富集在每个GO上的数目#输入文件数据展示

#绘制Lollipop图pdf(file=outFile,width=7,height=6)   #设置输出文件的格式#ggplot2包绘制ggplot(rt,aes(x=Term,y=Count))+   geom_hline(yintercept = 0,color="grey",size=1)+   #设置横坐标的坐标系位置，颜色，大小   geom_point(aes(color=ONTOLOGY),size=2)+   #设置点的大小   geom_bar(aes(file=ONTOLOGY),stat="identity",width = 0.2)+   #设置柱子的粗细   theme_bw(base_family = "Times")+   theme(panel.grid.minor = element_blank(),   #消除横条的背景线        panel.grid.major.x=element_blank(),   #消除竖条的背景线        axis.text.x=element_text(angle = 90), #设置横坐标图例旋转角度        legend.position = "None",        panel.border = element_blank())+labs(x="Count",y="Term",colour="",linetype="",file="")dev.off()

#ggpubr包绘制pdf(file=outFile1,width=7,height=6)ggdotchart(rt, x="Term", y="Count", color = "ONTOLOGY",group = "ONTOLOGY", #ggpubr包中ggdotchart()函数绘制          palette = "aaas",         #配色方案          legend = "right",         #图例位置          sorting = "descending",   #上升排序，区别于descadd = "segments",         #增加线段          dot.size = 5,             #设置圆圈大小          label = round(rt$Count),   #圆圈内数值          font.label = list(color="white",size=9, vjust=0.5),   #圆圈内数值字体，颜色设置          rotate = T,               #横向显示,设置为rotate=F便是纵向显示          ggtheme = theme_pubr())dev.off()

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