R|UpSetR包-集合可视化

R|UpSetR包集合的可视化

绘图流程

三、数据整理

输出交集基因文件

outFile="intersectGenes.txt"

输出图片

outPic="upset.pdf"

获取目录下所有文件

files=dir()

提取.txt结尾的文件

files=grep("txt$",files,value=T)geneList=list() 

读取所有.txt结尾文件中的基因信息，保存到geneList

length(files)读取文件夹中所有gene长度

for(i in 1:length(files)){    inputFile=files[i]if(inputFile==outFile){next}    rt=read.table(inputFile,header=F)           读取输入文件    geneNames=as.vector(rt[,1])               提取基因名称    geneNames=gsub("^ | $","",geneNames)     去掉基因首尾的空格    uniqGene=unique(geneNames)             基因取unique，唯一基因列表    header=unlist(strsplit(inputFile,"\\.|\\-"))    geneList[[header[1]]]=uniqGene    uniqLength=length(uniqGene)    print(paste(header[1],uniqLength,sep=" "))}

四、绘图

绘制UpSet

upsetData=fromList(geneList)upset(upsetData,      nsets = length(geneList),               展示多少个数据      nintersects = 50,                       展示基因集数目      order.by = "freq",                      按照数目排序      show.numbers = "yes",                   柱状图上方是否显示数值      number.angles = 20,                     字体角度      point.size = 2,                         点的大小      matrix.color="red",                     交集点颜色      line.size = 0.8,                        线条粗细      mainbar.y.label = "Gene Intersections",      sets.x.label = "Set Size")

五、保存图片、数据

保存图片

pdf(file=outPic,onefile = FALSE,width=9,height=6)dev.off()

保存交集文件

intersectGenes=Reduce(intersect,geneList)write.table(file=outFile,intersectGenes,sep="\t",quote=F,col.names=F,row.names=F)

交集基因